Utiliser l'opérateur s// qui va modifier la variable soumise en remplaçant la (les) chaîne(s) répondant(s) à la première expression par la seconde et retourner le nombre de modifications effectuées :
#!/usr/local/bin/perl
use strict;
my $total = 0;
while(my $line = <STDIN>)
{
chomp($line);
$total = $total + ($line =~ s/aa/bb/g);
print STDOUT"$line"."\n";
}
warn "$total modification(s)\n";
Plus de documentation dans la documentation de Perl :